慢性胃炎的病理变化是由于胃粘膜的损伤和修复这对矛盾所引起的，主要组织学特点是炎症、萎缩和化生。胃粘膜层的病变，很少影响到粘膜下层。如炎症长期不能控制，则可引起腺体破坏和肠化，由浅表性胃炎逐渐发展到萎缩性胃炎。病程长短不一，有报告浅表性胃炎可持续15～20年。相当多的患者是浅表性和萎缩性并存的，二者无严格的区分界限。当胃底腺完全萎缩，全部为化生性腺体替代，而胃窦粘膜尚属正常者，称为胃萎缩，见于A型胃炎发展为恶性贫血者。
慢性胃炎的组织学变化，开始时总是灶性的，且不同部位其严重度可以很不一致，甚至同一块活检标本中也不是均一的，此特点是胃镜诊断和病理诊断有时不一致的问题所在。随着病情发展，灶性病变扩大联合成片，逐渐向口侧发展。以上几种病理变化胃窦的重于胃体，小弯侧的重于大弯侧。
当萎缩和肠化严重时，炎症细胞浸润反而有所减少，提示疾病趋于静止，从治疗角度看，胃粘膜的炎症程度和活动性要比萎缩而无炎症的胃粘膜重要得多。